จากคู่มือกรมประมง ปัจจัยหลักคือ 'คุณภาพน้ำ' ได้แก่ ค่าออกซิเจนละลายน้ำ (DO) ต้องไม่ต่ำกว่า 4-5 mg/L, ค่าแอมโมเนียและไนไตรท์ที่เกิดจากของเสียและอาหารเหลือต้องอยู่ใกล้ 0, ค่า pH ควรนิ่งที่ระดับ 7.5-8.5 และอุณหภูมิน้ำ หากพารามิเตอร์เหล่านี้แกว่งจะทำให้สัตว์น้ำเครียด ภูมิคุ้มกันตก และติดเชื้อแบคทีเรียหรือไวรัสได้ง่าย เป็นสาเหตุหลักของการตายหมู่.

ต้นทุนกว่า 50-70% ของการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำคือ 'ค่าอาหารสำเร็จรูป' การบริหาร FCR (อัตราแลกเนื้อ) ให้ต่ำจึงสำคัญมาก เช่น กุ้งขาวแวนนาไมมักมี FCR ประมาณ 1.2 - 1.5 หากคนเลี้ยงให้อาหารมากเกินไปจนกุ้งกินไม่หมด อาหารจะเน่าเสียก้นบ่อ ทำให้ก๊าซไข่เน่าพุ่ง กุ้งป่วย และ FCR พุ่งสูง ทำให้ต้นทุนบานปลายและขาดทุนในที่สุด การจัดการระบบให้อาหารอัตโนมัติ (Auto Feeder) จึงเป็นที่นิยม.

ราคาสัตว์น้ำมีความผันผวนตามฤดูกาลและปริมาณผลผลิตมวลรวมในตลาด (Demand/Supply) บ่อยครั้งที่เมื่อถึงเวลาจับขาย ราคาตลาดเกิดตกต่ำพอดี ผู้เลี้ยงสัตว์น้ำมักมีข้อจำกัดเรื่อง 'ไม่สามารถยืดเวลาเลี้ยงได้' เพราะถ้ายืดเวลา สัตว์น้ำก็ยังต้องกินอาหารทุกวัน (ต้นทุนเพิ่ม) และบ่ออาจหนาแน่นเกินไปจนเกิดโรคตาย การทำเกษตรพันธสัญญา (Contract Farming) หรือการแปรรูปจึงเป็นทางออกในการลดความเสี่ยงนี้.